Müzenin ana binası olan villa, 1927 yılında Mısır Hidiv ailesinden Prens Mehmed Ali Hasan tarafından İtalyan mimar Edouard De Nari’ye yaptırılmış ve Hıdiv ailesinin değişik mensupları tarafından uzun yıllar yazlık konut olarak kullanılmış, kısa bir süre de Karadağ Sefareti olarak hizmet vermiştir.

Sabancı Üniversitesi, Sakıp Sabancı Müzesi, İstanbul’da Boğaziçi’nin en eski yerleşimlerinden Emirgan’da yer almaktadır. 1950 yılında Adanalı sanayici Hacı Ömer Sabancı tarafından Hidiv ailesine mensup Prenses İffet’ten satın alınan köşk, aynı yıl satın alınarak önüne yerleştirilen Fransız heykeltıraş Louis Doumas’ın 1864 yapımı at heykelinden ötürü “Atlı Köşk” olarak anılmaya başlanmıştır. Atlı Köşk’ün arazisi içindeki ikinci at heykeli ise, 1204 yılında 4. Haçlı Seferi sırasında Haçlı kuvvetlerince yağmalanan İstanbul Sultanahmet meydanından alınarak, Venedik San Marco kilisesi önüne yerleştirilen 4 attan birisinin dökümüdür. 1966 yılında Hacı Ömer Sabancı’nın vefatından sonra aile büyüğü olan Sakıp Sabancı tarafından sürekli konut olarak kullanılmaya başlanan Atlı Köşk, uzun yıllar Sakıp Sabancı’nın zengin hat ve resim koleksiyonunu barındırmış, 1998 yılında da içindeki koleksiyon ve eşyalar ile müzeye dönüştürülmek üzere Sabancı Üniversitesi’ne tahsis edilmiştir. Modern bir galerinin eklenmesiyle 2002 yılında ziyarete açılan Müze’nin sergileme alanları 2005 yılındaki düzenleme ile genişletilerek, teknik düzeyde uluslararası standartlara kavuşmuştur. Bugün Sabancı Üniversitesi Sakıp Sabancı Müzesi zengin koleksiyonu, kabul ettiği kapsamlı uluslararası geçici sergileri, konservasyon birimleri, örnek eğitim programları, yapılan çeşitli konser, konferans ve seminerleriyle çok yönlü bir Müzecilik ortamı sunmaktadır.